Parafia Trójcy Świętej w Radzyniu Podlaskim uzyskała zgodę Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków i Biskupa Siedleckiego na przeprowadzenie prac przygotowawczych i badań archeologicznych wykopaliskowych w kościelnych kryptach.

Wiadomo, że pod posadzką kościoła znajdują się trzy krypty grobowe. Wejścia do nich są zamknięte płytami marmurowymi wkomponowanymi w podłogę. Wiemy, co znajduje się w dwóch kryptach: w krypcie pod posadzką w Kaplicy Pana Jezusa i w krypcie pod posadzką Matki Boskiej. W podziemiach znajdują się zdewastowane trumny (w całości i w kawałkach) oraz porozrzucane szczątki ludzkich szkieletów (czaszki, piszczele, itp.). Na ścianach jednej z tych krypt widnieją malowidła przedstawiające śmierć w formie kościotrupów z symbolami przemijania (kosa, klepsydra).